世界上任何事情都是相对的,免疫蛋白印迹(WB)也不例外。如果没有恰当的内参,我们是无法衡量目的蛋白的表达的,如何选择内参,本文提出了四条标准,仅供大家参考。
世界上的任何事情,都是相对的。
比如我和姚明相比,我是个矮子;我和侏儒相比,我还是大个。
智商也是,我和爱因斯坦相比,我是个傻子;我和另外一些人相比,我可能还很聪明。
WB实验,也不例外。
为了确定目的蛋白的表达趋势,我们首先就定一个标准,一个参照。
这个参照,我们一般称为“内参蛋白”,顾名思义,就是“内部参考蛋白”,没有这样的一个标准,我们是无法搞清楚目的蛋白的表达的。
内参蛋白,是由细胞内保守基因表达的,一般表达稳定,不容易受样本处理或者其他因素的影响。
如何选择内参蛋白?
一般要考虑三个因素:
1)样本来源:哺乳动物来源的样本,一般可以选择GAPDH、β-actin、β-Tubulin、Histone H3等等,植物来源的样本,可以选择Plant actin;
2)表达稳定性:绝大部分内参蛋白,表达不受外界因素影响,但某些情况下,某些内参蛋白也会发生改变,如缺氧可能导致GAPDH表达上调。所以在研究有关氧对组织的影响时,尽量避免使用GAPDH;
3)和目的蛋白的分子量的差距:内参和目的蛋白的分子量,差距不要太近,太近不容易区分出相应的条带;但差距也不要太远,太远,难以通过内参蛋白去预测和调控某些实验参数,如电泳时间,电压,转膜时间等等。一般建议在5-10Kda为宜。具体内参分子量见我上图。
4)目的蛋白的表达位置:有的蛋白在细胞核内表达,有的在细胞浆内表达,胞浆内表达的蛋白就不能选用唯一在细胞核内表达的内参。